KoBIS Termine

KoBIS November 2018

06.11.2018 um 16:15 in Raum C10.3.36, THM Gießen

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  • "TBA"

    Christian Thomae Viegas, Fachbereich MNI, Technische Hochschule Mittelhessen

  • "Prediction of antiviral peptides with various machine learning algorithms"

    Most viral infections are still extremly difficult to treat. Many existing drugs only relief the symptoms, but offer no cure. Antiviral peptides (AVP) could be used prophylactically before infection or afterwards. They are very common in nature, working as a first line of defence in many organisms. Synthesis and assessment of antiviral action on the other hand are very costly and time-consuming in a laboratory environment. Well trained machine learning algorithms can rapidly predict AVPs from sequence information. In combination with exponentially growing, dedicated sequence-databases an in silico identification of potential AVPs can be established. Promising candidates can then be subjected to further testing in a wet-lab environment. At first, indicative features characterising AVPs have to be selected, based on classification properties. Those can be from the chemical, physical or biological domain. Different methods will be applied to reduce the high dimensional featurespace to a smaller feature-set covering most of the relevant information about AVPs. This is a crucial step, as these features are used for training and define the classifiers. A pipeline of different machine learning approaches will be set up next, combining support vector machines, artificial neural networks and random forest. Furthermore, hyperparameters steering the classification algortithms will also be subjected to optimasation. A unified score weighting the outcome of different algorithms is used as an overall prediction-score. For that matter all subtleties of the different approaches will have to be considered. Finally, extensive laboratory validation will be conducted with a random representative set of predicted AVPs and peptides, predicted to have no (antiviral) effect.

    Fabian Tann, Fachbereich LSE, Technische Hochschule Mittelhessen

KoBIS Dezember 2018

04.12.2018 um 16:15 in Raum C10.3.36, THM Gießen

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  • "TBA"

    César A. Parra-Rojas, Ph.D., Systems Medicine of Infectious Diseases Frankfurt Institute for Advanced Studies, Frankfurt am Main, Germany

About:

Das Kolloquium für Bioinformatik und Systembiologie Mittelhessen (KoBIS) ist eine gemeinsame Initiative der Technischen Hochschule Mittelhessen und der Justus-Liebig-Universität Gießen zum wissenschaftlichen Austausch zwischen Arbeitsgruppen und Hochschulen, die sich mit dem Thema Bioinformatik und Systembiologie beschäftigen. Seit Oktober 2015 gehört auch die Phillips-Universität Marburg zu den regelmäßig teilnehmenden Hochschulen. Präsentiert werden Projekt- und Abschlussarbeiten sowie aktuelle Forschungsthemen von Mitarbeitern und externen Gästen.

Interessierte sind herzlich willkommen!

Logo:

Bei dem KoBIS-Logo handelt es sich um eine Abwandlung eines Modells von H. Vogel zur Beschreibung des Blüten- bzw. Samenstands der Sonnenblume. Es symbolisiert damit also die Verbindung zwischen Biologie und Informatik bzw. Mathematik. Für Interessierte gibt es auch noch eine längere Nerd-Variante dieser Erklärung.

Zum Erstellen von Präsentationsfolien oder Artikeln zu KoBIS gibt es das Logo natürlich auch als Vektorgrafik.

Sonstiges:

Bildergalerie

Poster

Kontakt:

Technische Hochschule Mittelhessen
Fachbereich MNI
Life Science Informatics Laboratory (Prof. Dominik, Prof. Gogol-Döring)

Christopher Schölzel
E-Mail:

Valeria Blesius
E-Mail:

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